A Fekvő- és Járóbeteg-szakellátási Igazgatóság Igazgató irányítása alatt működő egységek az alábbiak:

Ellátásszervezési Szabályozási és Területi Koordinációs Főosztály

A főosztály feladata az OKFŐ és a kórházak közötti koordináció, elsődleges prioritás a 
vármegyék közötti ellátásszervezés biztosításán túl a vármegyei szintű irányítás és integrációs folyamatok támogatása.

A főosztály regionális szervezettség alapján az alábbi csoportokra tagozódik:

I. Dél-Alföldi Régió (Kecskemét)
Illetékességi területe: Bács-Kiskun Vármegye, Békés Vármegye, Csongrád-Csanád Vármegye

II. Dél-Dunántúli Régió (Pécs)
Illetékességi területe: Baranya Vármegye, Somogy Vármegye, Tolna Vármegye

III. Észak-Alföldi Régió (Debrecen)
Illetékességi területe: Hajdú-Bihar Vármegye, Jász-Nagykun-Szolnok Vármegye, 
Szabolcs-Szatmár-Bereg Vármegye

IV. Észak- Magyarországi Régió (Miskolc)
Illetékességi területe: Borsod-Abaúj-Zemplén Vármegye, Heves Vármegye, Nógrád 
Vármegye

V. Közép-Dunántúli Régió (Győr)
Illetékességi területe: Fejér Vármegye, Komárom-Esztergom Vármegye, Veszprém Vármegye

VI. Közép-Magyarországi Régió (Budapest)
Illetékességi területe: Budapest, Pest Vármegye

VII. Nyugat-Dunántúli Régió (Győr)
Illetékességi területe: Győr-Moson-Sopron Vármegye, Vas Vármegye, Zala Vármegye
 
Szakellátás Tervezési és Elemzési Főosztály
 
Feladatainak a jelentős része: adattárház üzemeltetés, adatgyűjtések (pl. orvosi regiszterek), hazai és nemzetközi statisztikai adatszolgáltatások, riportok és elemzések készítése, térségi feladatok támogatása.

Szakellátáselemzési Csoport

Szolgáltatásfejlesztési és Módszertani Csoport

Egészségügyi Működéselemzési Csoport


Gyógyszerészeti és Kutatáskoordinációs Főosztály

Fő tevékenysége: a klinikai vizsgálatok módszertani támogatása és felügyelete, az OKFŐ által irányított egészségügyi intézmények gyógyszerészeti tevékenységének felügyelete, részvétel az országosan egységes gyógyszer cikktörzs kialakításában, az intézményi gyógyszerellátás monitorizálása, felkészülés az esetleges gyógyszerhiányok kezelésére, a gyógyszertartalék kialakításával kapcsolatos gyógyszerészeti szakmai feladatok ellátása, közreműködés a közbeszerzési eljárásokban. Az egységes gyógyszertári rendszer bevezetésének szakmai 
támogatása.